許多人愛吃營養豐富的雞蛋，但若方法不當，隨即有損健康，瓘甚至危及性命。
未熟的雞蛋中抗生物素蛋白和抗胰蛋白酶未有被分解，影響人對蛋白質的消化、吸收。雞蛋在形成過程中會帶菌，細菌會穿過蛋殼上的小孔，進入蛋內。生雞蛋的蛋白質結構致密，大部分無法被人體吸收，只有煮熟後的蛋白質才變得鬆軟，人體胃腸道才可消化吸收。生雞蛋有特殊的腥味，會引起中樞神經抑制，使唾液、胃液和腸液等消化液的分泌減少，從而導致食欲不振、消化不良。食下未熟的雞蛋輕則會引起腹瀉。
部份人喜歡炒雞蛋時放進味精，由於精會影響雞蛋內的合成谷氨酸鈉，不但破壞雞蛋的鮮味，更會無法增加鮮味。有些人喜歡長時間烹煮雞蛋，但研究發現，對於富含omega-3的雞蛋來說，烹調會增加其脂肪氧化程度3-9倍之多。雞蛋煮得時間過長，蛋黃表面會形成灰綠色硫化亞鐵層，很難被人體吸收。
雞蛋長期加熱件下，雞蛋中的氨基酸與糖之間會發生化學反應，結果生成一種叫糖基賴氨酸的化合物，破壞了雞蛋中對人體十分有益的氨基酸成分。所產生的化合物不僅不容易被人體所吸收，還帶有毒性，這種物質有凝血作用，進入人體後會造成危害。
一些人常將煮熟的雞蛋浸在冷水裏，利用蛋殼和蛋白的不同熱膨脹程度，使蛋殼輕易剝落，但這種做法不衛生。由於新鮮雞蛋外表有一層保護膜，可以令蛋內的水分不易揮發，也有防止微生物進入。當雞蛋煮熟後，蛋殼上的薄膜會被破壞掉，令蛋內氣腔的一些氣體洩出，此時雞蛋置於冷水內會負氣腔內溫度驟降形成負壓，冷水和微生物可通過蛋殼和殼內雙層膜上的氣孔進進蛋內，存放時會更易變質。